ŞİMDİ GENİŞLETİLMİŞ NIPT ZAMANI
EŞSİZ DOĞRULUKLA TARAMA
NIPT artık yaş veya riskten bağımsız olarak tüm hamile anneler için ACOG/SMFM* tarafından önerilmektedir.
Serbest Fetal DNA testi (cfDNA) olarak da bilinen ‘Anne Kanından Serbest Fetal DNA Testi (NIPT)’ doğum öncesi anöploidi tarama testidir.
Anne adayından koldan basit bir kan alımı ile 10. hafta gibi erken bir dönemden itibaren fetal kromozomal anöploidiler için invaziv olmayan tarama yapar.
*Amerikan Kadın Doğum ve Jinekologlar Derneği (ACOG) ve Maternal-Fetal Tıp Derneği (SMFM)
GENİŞLETİLMİŞ NIPT TARAMASININ AVANTAJLARI NEDİR?
Fetal kromozom anomalileri 3 yaygın trizomi ile sınırlı değildir. 30 yılı aşkın süredir teknik ve teknolojik sınırlamalar nedeniyle trizomi 21, 18 ve 13 için prenatal tanı ve tarama testleri yapılmaktadır.
Serbest Fetal DNA (cfDNA) temelli prenatal test, diğer adıyla invaziv olmayan prenatal test (NIPT) ile 23 kromozom çiftinin tamamına ilişkin kapsamlı bir tarama yapılmaktadır. Bu genişletilmiş NIPT24 testi ile anne adayının karşı karşıya kaldığı riskler daha net belirlenir.
NIPT24 GENEL BAKIŞ
NIPT24; Illumina Veriseq NIPT Solution V2 teknolojisi ile fetal genom üzerinden kromozom anomalilerinin saptanabilmesi için kullanılan ve anne adayından alınan periferik kan örneginde 10. gebelik haftasından itibaren uygulanabilen genis kapsamlı bir tarama testidir. Kullanmıs oldugu teknolojinin numune hazırlama ve analiz yazılımı in-vitro tanı uygulamalarına uygun olarak belgelendirilmistir. (CE-IVD) NIPT24, 23 kromozom için anöploidi (trizomi ve monozomi) ile parsiyel delesyon ve duplikasyonları tespit edebilmek için “Tüm Genom Dizileme (WGS)” yöntemini kullanır. Test sonrasında, saptanması durumunda cinsiyet kromozom anöploidileri de raporlanmaktadır.
Bu tarama testi, tanı amaçlı veya gebelik ile kesin kararlar vermede tek basına kullanılmamalıdır.
Bütün anne kanından serbest fetal DNA analizine dayanan ve girisimsel olmayan NIPT testleri, bir tarama testi olup tanı testi degildir. Yanlıs pozitif ve yanlıs negatif sonuçlar bu testlerin limitasyonlarından bir tanesidir. Normal raporlanan bir sonuç, gebeligin kromozomal anomaliye sahip olma olasılıgını tamamen ortadan kaldırmaz. Ayrıca; saptama limitlerinin altında kalan kromozomal anomaliler, poliploidi (triploidi vb), nöral tüp defektleri ve tek gen bozuklukları (DNA hastalıkları) ile otizm vb. diger nörolojik ve psikolojik durumlar için bilgi verici degildir.
Test sonuçları, plasenta (plasenta ile sınırlı mozaisizm, CPM) veya annede mevcut olan bir mozaisizm durumunda fetüsün kromozomal durumunu dogru bir şekilde yansıtmayabilir.
NIPT24 BİLİMSEL BASAMAKLARI
Örnek Hazırlığı
İlk olarak, plazma cfDNA ekstraksiyonu için tam kandan izole edilir.
Ardından, tüm genom ve PCR işlemi içermeyen yöntem ile mevcut tüm cfDNA’yı kullanarak, çok düşük başarısızlık oranıyla testin verimliliği ve güvenilirliği en yüksek düzeye çıkarılır.
Son olarak, benzeri olmayan adaptörler kullanılarak her numune benzersiz bir şekilde barkodlanır ve yeni nesil dizileme aşamasına geçilir.
Sekanslama
Her parçanın uçları, 2X36 bp okumaları kullanılarak sıralanır.
Bu çift uçlu okumalar, bağlamsal olarak her parçanın uzunluğunu sağlayarak (iki eşleştirilmiş okuma arasındaki mesafeyle ölçülür) genoma hizalanır.
Fragman uzunluğu değerlidir, çünkü daha kısa cfDNA fragmanlarının fetus orijinli olması beklenir,.Daha uzun cfDNA fragmanlarının ise köken olarak anne olma olasılığı daha yüksektir.
Analiz ve Raporlama
Dinamik bir eşik, arama yapmak için yeterli bilgi olup olmadığını belirlemek için her örnek için toplanan okumaların kalitesini ve miktarını ayrı ayrı değerlendirir.
Eğer öyleyse, bu okumalar, beklenen dağılımdan sapmaları aramak için kromozomlara göre sıralanır.
Daha kısa parçalara odaklanarak, göreceli fetal sinyalde bir artış olur ve fetal fraksiyon kesmesi olmadan mükemmel sonuçlara izin verir.
NIPT24 TESTİ İLE DETAYLI BİLGİLERE ULAŞABİLİRSİNİZ
NIPT24, gebeliğin 10. haftası gibi erken bir dönemden itibaren fetüsün kromozomal durumu hakkında değerli bilgiler sunar. Yeni Nesil Dizileme teknolojisi ile (NGS) tüm genom sekanslama (WGS) sayesinde test seçenekleri 21, 18 ve 13. kromozomun yanı sıra nadir diğer otozomal anöploidiler ve cinsiyet kromozomu anöploidileri
(SCA) ile kopya sayısı varyasyonları (CNV) (≥7 Mb) olarak da anılan parsiyel delesyonlar ve duplikasyonları içerecek şekilde genişletilerek detaylı bilgiler sunmaktadır. Genişletilmiş tarama seçeneğiyle NIPT24, gelişme gerilikleri ve fetal anomaliler gibi klinik olarak ilişkilendirilen nadir otozomal anöploidiler ve CNV’leri saptayabilir. (1,2)
NADİR OTOZOMAL ANÖPLOİDİLER SANDIĞINIZDAN DAHA YAYGIN
Nadir olarak nitelendirilse de bu tip otozomal anöploidiler düşünülenden çok daha sık görülmektedir. Gebeliğin erken dönemlerinde uygulanan kombine taramalardaki (USG + biyokimyasal) pozitiflik oranları %0,44(1,2) olarak tahmin edilmektedir. Kombine taramalarda trizomi 21, 18 ve 13 için spesifik olarak belirlenen pozitiflik oranı ise yaklaşık %0,56(3) olarak tahmin edilmektedir.
Yani, tüm genomu incelemiyorsanız bir şeyleri gözden kaçırıyor olabilirsiniz!
1-Pertile MD, Halks-Miller M, Flowers N, Barbacioru C, Kinnings SL, Vavrek D, et al. Rare autosomoal trisomies, revealed by maternal plasma DNA sequencing, suggest increased risk of feto-placental disease. Sci Transl Med. 2017;9(405). doi: 10.1126/scitranslmed.aan1240
2- Shaffer LG, Rosenfeld JA, Dabell MP, Coppinger J, Bandholz AM, Ellison JW, et al. Detection rates of clinically significant genomic alterations by microarray analysis for specific anomalies detected by ultrasound. Prenat Diagn. 2012;32(10):986-995
3- Liang D, Cram DS, Tan H, Linpeng S, Liu Y, Sun H, et al. Clinical utility of noninvasive prenatal screening for expanded chromosome disease syndromes. Genet Med. 2019. doi: 10.1038/s41436-019-0467-4.
NEDEN NIPT24 İLE GENİŞLETİLMİŞ TARAMA TERCİH EDİLMELİDİR?
NIPT24, gebeligin 10. haftası gibi erken bir dönemden itibaren fetüsün kromozomal durumu hakkında degerli bilgiler sunar. Yeni Nesil Dizileme teknolojisi (NGS), tüm genom sekanslama (WGS) ile 13, 18 ve 21 numaralı kromozomların yanı sıra nadir diger otozomal ve cinsiyet kromozomları anöploidileri (SCA) ve kopya sayısı varyasyonları (CNV) (≥7 Mb) olarak da adlandırılan parsiyel delesyonlar ve duplikasyonları içerecek sekilde detaylı bilgiler sunmaktadır. Genisletilmis tarama seçenegiyle NIPT24, fetal anomaliler ve gelisme geriligi gibi klinik durumlar ile iliskilendirilmis nadir otozomal anöploidiler ve CNV’leri saptayabilir. Kullanılan bu teknoloji her yıl yüzbinlerce kadında uygulanmakta ve güncel bilimsel çalısmalarla desteklenmektedir.
NADİR ANÖPLOİDİLER VE KOPYA SAYISI VARYASYONLARI NEDEN ÖNEMLİDİR?
Nadir anöploidiler ve kopya sayısı varyasyonları, fetal ve/veya plasental kromozom yapısını temsil edebilir. Her iki durumda da pozitif bir sonuç, feto-plasental hastalık için artmış riski gösterir ve vakaların yarısında klinik bir karşılığı vardır. Fetüs ve/veya plasentadaki bir anomali için mozaik bir durum olsa da klinik olarak kendisini gösterebilir.
Nadir otozomal anöploidi veya CNV pozitif sonuçların olası sonuçlarından bazıları şu şekildedir:
Gebelikte düşük riski – erken tarama, düşük nedenini anlamaya yardımcı olabilir ve genellikle kromozomal anomalinin söz konusu olduğu gelecekteki bir gebelikte bu durumun yeniden yaşanması riski hakkında bilgi verir.
Fetal anomali riski – Nadir otozomal anöploidi ve kopya sayısı varyasyonları (CNV), organ ve beyin gelişimi üzerinde olumsuz etki yaratarak yapısal anomalilere, gelişimsel gecikmelere ve entelektüel yetersizliğe yol açabilir. Nadir otozomal anöploidi yalnızca plasentada olsa bile fetüsün gelişimi üzerinde olumsuz etkilere neden olabilir.
Gebeliğe ilişkin diğer riskler – Nadir otozomal anöploidi ve kopya sayısı varyasyonları (CNV) plasenta ile sınırlıysa fetüs kromozomal olarak normal olabilir ancak plasentaya ilişkin sorunlar fetal gelişimin yetersiz olmasına ve/veya erken doğuma yol açabilir.
Yukarıda şemadaki Nadir Otozomal Anöploidiler (RAA), 51 vakada genişletilmiş NIPT kullanılarak tespit edilmiştir. Vakalar birden fazla kategoriye girebilir ve bu nedenle toplam değer %100’den fazla olabilir. Bu çalışma, yalnızca nadir otozomal trizomileri içermektedir. Monozomileri de içeren tüm RAA’lar için tarama pozitif oranının nadir otozomal trizomiler için rapor edilen orandan marjinal olarak daha yüksek olması beklenmektedir. (Kaynak: Pertile MD, Halks-Miller M, Flowers N, et al. Rare autosomal trisomies, revealed by maternal plasma DNA sequencing, suggest increased risk of feto-placental disease. Sci Transl Med. 2017;9(405).
ÜSTÜN PERFORMANS, DAHA FAZLA GÜVEN
NIPT24 testi, kullanmıs oldugu Illumina VeriSeq™ NIPT V2 çözümü ile yüksek oranda dogru sonuçlar, düsük hata ve düsük yalancı pozitif oranları bir araya getirmesiyle güvenilir NIPT taramalarından biridir. Bu test, 23 kromozom çiftinin tamamını kapsaması nedeniyle gebeligin erken dönemlerinde fetal genoma iliskin kapsamlı bir analizi mümkün kılar. Gebeligin 10. haftası gibi erken bir dönemden itibaren uygulanabilen NIPT24 ile kısa sürede güvenilir sonuçlar alabilirsiniz.
Sorumluluk Reddi: VeriSeqTM NIPT Solution V2’nin tekil gebelikler için temel taramada trizomi 21, 18 ve 13’ü tespit etme duyarlılığı ve özgüllüğüdür (bilinen mozaikler hariçtir).
Kaynak: VeriSeqTM NIPT Solution v2 kullanım talimatı, Nisan 2020. Dosyadaki veriler, Illumina, Inc. 2020.
POZİTİF (YÜKSEK RİSK) SONUÇ NE ANLAMA GELİR?
NIPT24 testinin bir tanı testi değil, tarama testi olduğunun unutulmaması önemlidir. Her pozitif sonucun tanı testi ile onaylanması gerekir. NIPT24 sonuçları, gebelik yönetimi kararlarında tek temel olarak kullanılmamalıdır.
NIPT24 sonucunun pozitif olması durumunda, rapor edilen anomaliler, hangi ek test ve değerlendirmelerin uygun olduğu ve potansiyel klinik anlamları konusunda görüşmek üzere sağlık profesyonellerinden danışma alması gerekir. Test seçenekleri şunları içerebilir (ancak bunlarla sınırlı değildir):
Ayrıntılı ultrason değerlendirmesi; gebeliğin devam edip etmediğini kontrol etmek, fetüsteki olası yapısal anomalileri belirlemek ve/veya gebeliğin intrauterin gelişme geriliği gibi komplikasyonlar açısından riskli olup olmadığını tayin etmek içindir.
Koryon villus biyopsisi veya amniyosentez yoluyla tanı testi; pozitif NIPT sonucunun gerçek fetal kromozomal anomali, fetal mozaisizm, fetal uniparental dizomi veya plasental mozaisizmin göstergesi olup olmadığını tayin etmek içindir.
İlave özel test (Bu durum için lütfen bir sağlık profesyoneline başvurunuz)
SAĞLIK PROFESYONELLERİ İÇİN BİLİMSEL KAYNAKLAR
Hakemli dergilerdeki yayınlar
- Genome-wide fetal aneuploidy detection by maternal plasma DNA sequencing.
- DNA sequencing versus standard prenatal aneuploidy screening.
- Copy-Number Variation and False Positive Prenatal Screening Result.
Klinik Deneyim Çalışmaları
- Noninvasive prenatal testing in the general obstetric population: clinical performance and counseling considerations in over 85 000 cases.
- Aneuploidy screening by non-invasive prenatal testing in twin pregnancy.
- Fetal sex chromosome testing by maternal plasma DNA sequencing: clinical laboratory experience and biology.
VeriSeq NIPT Çözümü v2 Yayınları
- Analysis of cfDNA in a consecutive series of 13,607 routine samples
- Strategy for use of genome-wide non-invasive prenatal testing
- Clinical experience with noninvasive prenatal testing in Germany: analysis of over 500 high-risk cases for trisomy 21, 18, 13 and monoso
Genome-Boyu Analizi ile ilgili Yayınlar
- Origin and clinical relevance of chromosomal aberrations other than the common trisomies detected by genome-wide NIPS: results of the TRIDENT study
- Rare autosomal trisomies, revealed by maternal plasma DNA sequencing, suggest increased risk of feto-placental disease
- Rare autosomal trisomies: Important and not so rare
- Outcome of publicly funded nationwide first-tier noninvasive prenatal screening
Diğer Yayınlar
- Current use of noninvasive prenatal testing in Europe, Australia and the USA: A graphical presentation
- Fetal fraction and noninvasive prenatal testing: What clinicians need to know